Normas gerais do serviço e submissão das amostras para corridas no HiSeq2500 do CEGH-CEL

1. Acesso ao Serviço
1.1. Uma vez que não oferecemos o serviço de preparo de bibliotecas nem suporte para o preparo das mesmas, o pesquisador interessado em enviar amostras para corridas no MiSeqTM e HiSeqTM 2500 do Setor de Sequenciamento do CEGH-CEL deve inicialmente entrar em contato com a empresa Illumina (Ana Aidar - aaidar@illumina.com) para planejar seu experimento e comprar todos os reagentes necessários para preparar as bibliotecas em seu laboratório e o(s) kit(s) de corrida.

1.2. A seguir, o pesquisador deve entrar em contato com o responsável por este Serviço para que se possa fazer o planejamento e agendamento da corrida (Monica ou Guilherme). Este contato pode ser por e-mail (seqcegh@gmail.com) ou pelo telefone (11) 2648-8342.

1.3. Após a aprovação do serviço por e-mail ou telefone, o usuário deve preencher o Cadastro de Cliente disponível no nosso site. As informações cadastrais serão utilizadas somente para o nosso serviço, não sendo divulgadas para nenhuma outra instituição ou pessoa interessada.

1.4. Em seguida o usuário deve preencher o Formulário para a Requisição de Corridas NGS (disponível no link "envio das amostras"). Este formulário contém informações importantes para o sucesso das corridas, como: método de preparo das amostras (bibliotecas), identificação das amostras e “índex” que foi utilizado para cada uma, concentração a ser injetada (pM), número de bases a ser lido (número de ciclos), etc. É de responsabilidade do usuário fornecer informações confiáveis.
Vale lembrar que: Formulários para a Requisição de Serviço somente poderão ser enviados após o cadastramento do cliente e recebimento da confirmação do cadastro via e-mail.

1.5. Os serviços prestados são cobrados. Seus valores são calculados com base nos custos operacionais e materiais necessários para a manutenção dos mesmos. Os preços terão uma diferenciação, segundo a classe e origem do pesquisador. Os recursos recebidos pelo CEGH-CEL são revertidos para a compra de material de consumo, pagamento do corpo técnico e manutenção dos equipamentos.

 
2. Utilização
2.1. Cada usuário/cliente é responsável pela preparação e quantificação da biblioteca, armazenamento, entrega (das amostras e reagentes para a corrida) e pela retirada dos dados e, quando for o caso, do restante de suas amostras do nosso laboratório.

2.2. O pesquisador/cliente deve adquirir os reagentes para a execução das bibliotecas e kits para corrida no MiSeqTM ou HiSeqTM 2500. Os fornecedores (Illumina, Agilent) têm oferecido treinamento gratuito para o preparo das bibliotecas.

2.3. A entrega das amostras e dos reagentes para a corrida deverá ser feita pessoalmente no setor de Sequenciamento de DNA do CEGH-CEL para o responsável pelo serviço – Monica (endereço no site). O dia e horário da entrega serão definidos e enviados por e-mail no momento da contratação entre o responsável pelo serviço do NGS e o usuário. As datas de entrega e corrida dependerão de experimentos previamente agendados para o equipamento e serão definidas caso a caso.

2.4. Na ocasião da entrega, as bibliotecas já deverão estar misturadas (no caso de múltiplas amostras) e normalizadas na concentração indicada pelo usuário no formulário de requisição do serviço (2nM para HiSeq e 4nM para MiSeq), em volume mínimo de 12μL. O pesquisador deve informar a concentração final desejada para a injeção da biblioteca. Nossa equipe fará a diluição final e a desnaturação, entretanto o pesquisador deve informar como as amostras devem ser desnaturadas, uma vez que este processo de desnaturação pode mudar de acordo com o Kit utilizado no preparo da biblioteca.

2.5. Os kits com os reagentes para sequenciamento mudam de acordo com a forma de preparo da biblioteca (Tru-Seq, NEXTERA, etc). Com relação à entrega das amostras e kits é muito IMPORTANTE prestar atenção às temperaturas de acondicionamento dos mesmos: reagentes que precisam ser mantidos a 4˚C devem ser trazidos em gelo picado ou com embalagens de gelo reciclável e os que são mantidos em freezer -20˚C devem ser trazidos em gelo seco. Existem ainda componentes dos kits que são mantidos à temperatura ambiente. Cuidado para não trocar as temperaturas! No momento da entrega faremos uma checagem dos reagentes: temperaturas de armazenagem, possíveis trincas ou vazamentos nos tubos. Em certos casos, a Illumina faz a troca gratuita para o pesquisador.

2.6. É importante ressaltar que o sucesso da corrida depende de uma série de fatores que serão de responsabilidade do cliente, dentre esses fatores destacamos: utilização adequada dos index, importância da qualidade e quantificação/concentração das bibliotecas, atenção ao preenchimento das informações constantes no formulário, acondicionamento das amostras e kits de corrida durante o preparo e transporte, kits de corrida adequados à forma de preparo da biblioteca, etc.

2.7. Para o sucesso na atribuição de INDEXs o usuário deve utilizar o software Illumina Experiment Manager, disponível em http://www.illumina.com/systems/miseq/software.html
 
2.8. Importante: nossa equipe não conta com um grupo de suporte de bioinformática. Portanto o processamento e a análise dos dados devem ser realizados pelo próprio usuário.

2.9. Solicitamos aos clientes/usuários do Equipamento Multiusuário que insiram em suas publicações de pesquisa (artigos em periódicos, teses, dissertações, papers etc.) os agradecimentos pela utilização dos serviços do CEGH-CEL (Setor de Genômica para Multiusuários do CEGH-CEL) e da agência de fomento que possibilitou a aquisição do equipamento (FAPESP).

 
3. Qualidade da Corrida
3.1. Em todas as corridas uma amostra de DNA controle (PhiX) será sequenciada junto com as amostras do cliente. O PhiX v3 é uma biblioteca de confiança, utilizada dentre outras coisas, como um controle de qualidade para o sequenciamento com a plataforma Illumina. Ele aumenta a confiança nos resultados e determina de forma simples se um erro é relacionado à preparação da amostra.
 
3.2. Caso o nosso Serviço constate que o sequenciamento do DNA controle não funcionou ou apresentou qualidade insatisfatória, a corrida será repetida sem nenhum custo adicional para o cliente. Porém, caso as taxas relativas ao sequenciamento do PhiX estejam dentro do esperado e as referentes às amostras não, as corridas deverão ser pagas da mesma forma.

 
4. Entrega dos Resultados
4.1. Após o término do serviço do sequenciamento, o responsável pela prestação de Serviço de NGS, entrará em contato com o pesquisador responsável pelo projeto para combinar a melhor data e horário para a retirada dos resultados e das amostras excedentes. A responsabilidade pela retirada, armazenamento e transporte dos resultados é do pesquisador/aluno responsável pelo projeto e este deverá providenciar dispositivo adequado (HD externo, pen drive, etc) para a gravação e transporte dos dados. Os reads serão entregues ao usuário ou ao seu representante no formato da corrida original ou em arquivos no formato FASTQ para cada uma das amostras.
 
4.2. O CEGH-CEL manterá uma cópia de segurança dos dados por um prazo máximo de 3 meses, contados a partir da data de entrega dos resultados. Após este prazo, os dados serão descartados.

4.3. Sugerimos que o cliente instale em seu computador o software “Sequencing Analysis Viewer”, que pode ser obtido gratuitamente,
juntamente com as informações para instalação, no endereço: support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html.
De posse deste software e dos arquivos da corrida original enviados junto com os dados, o cliente terá acesso aos gráficos da corrida, possibilitando a checagem da qualidade da mesma a partir de parâmetros como “Error Rate” e “% Perfect Reads”.

 
5. Preços da Corrida

- Corrida no MiSeqTM:

R$ 525,00 para clientes da USP ou para pagamentos realizados com verba FAPESP

R$ 1.050,00 para clientes externos à USP e que não realizarão pagamentos com verba FAPESP
 

- Corrida no HiSeqTM 2500 - Modo "Rapid Run":

R$ 1.000,00 para clientes da USP ou para pagamentos realizados com verba FAPESP

R$ 1.750,00 para clientes externos à USP e que não realizarão pagamentos com verba FAPESP
 

- Corrida  HiSeqTM 2500 - Modo "High Output"

R$ 3.000,00 para clientes da USP ou para pagamentos realizados com verba FAPESP
R$ 5.000,00 para clientes externos à USP e que não realizarão pagamentos com verba FAPESP

 

6. Pagamento das Corridas
6.1. Forma de pagamento: Boleto Bancário com data de vencimento para 30 dias corridos após a emissão do mesmo. Após o vencimento, encargos de 0,2% ao dia com ordens de não recebimento após 15 dias do vencimento. 

6.2. Todos os e-mails referentes a pagamentos deverão ser enviados para o e-mail pagamento_cegh@yahoo.com.br, aos cuidados de Wagner Falciano.
 
6.3. Os dados para a nota fiscal devem ser enviados em uma ficha impressa junto com as amostras (http://genoma.ib.usp.br/wordpress/wp-content/uploads/2011/04/Dados-para-...).
 
6.4. Importante: a corrida não será processada caso os dados para a nota não sejam enviados.
 
6.5. Aproximadamente uma semana após receber os resultados, o cliente receberá por e-mail a nota fiscal e o boleto bancário.
 
6.6. Para evitar constrangimentos solicitamos que, antes de entregar as bibliotecas, o cliente verifique se será possível realizar o pagamento dentro do prazo. Caso não seja possível, solicitamos que o cliente entre em contato novamente para que possamos agendar uma nova data para que as amostras sejam enviadas somente no período em que o pagamento poderá ser realizado.

6.7. Não é necessário enviar o comprovante de pagamento para o nosso serviço, pois a verificação da quitação do boleto será realizada pela FUSP.
 

7. Contato (Corridas nos Sequenciadores de Nova Geração)
Tire suas dúvidas ou encaminhe sugestões via e-mail ou telefone.
Nosso horário de atendimento para este serviço é de segunda a sexta das 8h00 às 12h00.

 
Nosso endereço:
Centro de Pesquisas sobre o Genoma Humano e Células-Tronco
Setor de Sequenciamento de DNA
Rua do Matão - travessa 13, número 106
Instituto de Biociências – Universidade de São Paulo
Cidade Universitária – São Paulo – SP
CEP: 05508-090
 Telefone: (11) 2648-8342 com Monica
e-mail: seqcegh@gmail.com
 

 

 

Atualizado em 10/03/2017